MES系统在不一样的行业有不一样的行业的应用特点，行业和应用需求的不同而导致不一样的行业的MES有着比较大的差异。这篇文章主要讨论的是医药行业
1）医药企业对MES缺乏正确的理解，对实施MES的目标不明确。实施MES不等于无人化操作，只是减少人工操作失误，减少纸质文档，进行数据采集，提升产品质量以及管理者决策的及时性。
2）MES系统要与其他系统来进行协同集成，例如ERP系统，LIMS系统等，也需要和生产控制管理系统等集成。涉及的系统种类多，接口类型多变，不同系统又涉及不同的供应商与子供应商，系统和系统之间的协调往往花费大量的时间和精力。
实施，有多品种的小批量的制剂车间，又有单一原料的固体制剂车间。不一样的产品和物料之间工艺路线差别大，规范化的生产管理实施有一定的难度。
4）MES强调数据的实时性、数据的分析处理、以及对生产的监管。在执行过程中需要具有质量管理人员、工艺生产人员、系统工程师等多人参与，但可能执行层对工作管理方式和流程的改编比较抵触，导致实施延迟或失败。
5）对系统实施的风险认识不深。鉴于制药行业的特点，即使不同企业之间生产类似的产品，但涉及企业的详细业务流程和生产管理运营方式各有不同，
4.0对制造业带来的巨大变革，MES必将变成整个供应链的一个重要部分。慢慢的变多的制药工厂也慢慢的开始逐步实施MES系统，用以提高质量、提高合规性、提高管理效率、实现精益生产管理。
